微生物实验室是我系基础实验室之一，1989年，实验楼竣工，微生物实验室开始建设，逐步投资5万元，购置恒温培养箱、高压灭菌器、冰箱、超净工作台、玻璃器皿用具等，保证了实验室基本运行。实验工作环境良好，占地面积大至55m²,资产总价值超过5万元。

该实验室主要承担环境微生物、兽医微生物、农业微生物、食用菌等实验与部分综合实习任务，服务于环境工程系环境监测与治理技术、兽医、园林、园艺专业的学生，每年接待学生300人左右。

主要实验项目：微生物的培养基制备 ，微生物培养技术，微生物染色技术，环境中微生物分离技术 ；动物微生物中的分离技术，环境中微生物检验检测技术 ，水中微生物总数与大肠菌群的检测；食用菌菌种的扩大培养，食用菌栽培材料的处理，食用菌栽培过程（实习）。